本发明涉及一种含有枯草芽孢杆菌BAB‑1和啶酰菌胺的复配杀菌剂及其在防治番茄灰霉病和叶霉病中的应用。所述复配杀菌剂原料含有活性成分、填料和/助剂；所述活性成分由枯草芽孢杆菌BAB‑1和啶酰菌胺组成。本发明所述复配杀菌剂将枯草芽孢杆菌BAB‑1与啶酰菌胺复配后，形成优势互补的作用，既能发挥啶酰菌胺的高效、快速的抑菌作用及对灰霉病和叶霉病的治疗作用，又能发挥枯草芽孢杆菌BAB‑1在诱导番茄抗性及对灰霉病和叶霉病的保护作用；可形成一个稳定的、平衡的、生物多样性的生态系统，达到提高药效、减少化学农药使用量、持久的控制番茄灰霉病和叶霉病流行的目的。