本发明公开了一种遮挡情况下奶牛体表点云三维重建方法，包括：将俯侧两视角的深度图像转化为点云数据，分割出侧视点云中奶牛躯干部位，检测奶牛侧视点云中奶牛躯干部位的缺失区域，利用侧视图像中奶牛水平位置的变化，将缺失区域补全；利用参考位置首次异常的方法将俯视与侧视视角帧对齐；将同步的俯视点云与补全后的侧视点云拼接配准后，通过检测俯视点云中奶牛背部脊柱位置确定对称平面，利用对称平面将单视角侧视点云镜像对称得到双视角侧视点云，完成奶牛体表点云的三维重建。本发明提供的遮挡情况下奶牛体表点云三维重建方法，能够将遮挡造成的点云缺失补全，并通过镜像对称获得完整点云，提高了三维重建的精度和效率。