本发明涉及农药技术领域，具体涉及一种防治果蔬病害的杀菌组合物及应用。本发明所述的杀菌组合物，包括活性组分；所述活性组分包括四霉素和新型琥珀酸脱氢酶抑制剂(SDHI)类杀菌剂；所述新型琥珀酸脱氢酶抑制剂类杀菌剂为氟唑菌酰羟胺、氟吡菌酰胺或吡唑萘菌胺中的一种或多种。本发明提供的杀菌组合物及含其农药制剂不仅保持对灰霉病、早疫病、灰叶斑的防治效果，而且还能够同时对菌核病、立枯病、死棵、根结线虫、溃疡病进行有效防控，延缓了琥珀酸脱氢酶抑制剂类杀菌剂抗性的产生，实现了一喷多防，提高了防治效率，达到了菜农增产增收的目的。