本发明涉及马铃薯晚疫病菌细胞色素b基因Cytb核苷酸点突变的鉴定及其在杀菌剂吡唑醚菌酯抗性检测中的应用，具体公开了两种快速鉴定马铃薯晚疫病菌Cytb基因406位核苷酸突变对吡唑醚菌酯产生抗性的分子检测方法及其专用引物。所述突变位点指马铃薯晚疫病菌中Cytb基因自5’末端起第406位核苷酸为A纯合，由此导致Cytb蛋白自N端起第136位氨基酸为纯合的精氨酸。本发明提供的分子检测方法灵敏度高、特异性强、检测周期短，可以实现马铃薯晚疫病菌对吡唑醚菌酯抗性菌株的快速鉴定，高通量监测田间马铃薯晚疫病菌对吡唑醚菌酯的抗性发生及发展情况，为我国马铃薯晚疫病的发生流行和抗性治理提供理论指导。