本发明公开了一种智能算法处理系统，包括通过网络系统连接的开发机和执行机，开发机在接收到用户输入的算法选择、保存、编译及组态选择、编译指令后，调用对应智能算法模块；存储编辑后的智能算法模块；获取对应智能算法模块并进行编译，并将编译生成的智能算法可执行代码通过网络系统下发给执行机；调用对应组态模块；获取组态信息并进行编译，并将编译生成的目标文件通过网络系统下发给执行机；执行机读取目标文件，执行算法可执行代码。本发明还公开了一种智能算法处理方法。本发明提供开发机为用户提供方便的智能算法代码的编辑与编译环境，用户能够按工业现场的应用需求编写智能算法，并且每个智能算法编写保存后能够重复使用以及修改。