本发明公开了一种模拟滨海平原水库水质咸化垂直变化规律的装置及方法，该装置包括土柱3，在土柱3上部的侧壁上设置有进水口2，泄水口6，进水口2通过管路与水库水或外调水供水容器1连接，泄水口6通过管路与溢出水集水容器7连接；土柱3的底部设置有地下咸水进水口9，地下咸水进水口9通过管路与地下咸水定水头供水容器10连接，在土柱3的侧壁上设置有取样口8。本发明的装置可以模拟不同影响因素，如浅层地下咸水、底质盐分释放、外调水与水库水混合作用、风的扰动等影响下滨海水库水质咸化垂直变化规律，也可以改变柱内蓄水水质、咸水水位埋深等不同试验条件研究地下咸水上移的水文地球化学作用以及咸淡水界面上移规律。