本发明提供了一种阻燃聚丙烯腈复合纤维的制备方法，由富含碳的生物质原料为碳源、富含氮的生物质原料蛋白质为气源和富含磷的生物质原料植酸为酸源复配后构建生物质无卤膨胀型阻燃体系，与聚丙烯腈溶液共混制备成纺丝液后，以含金属离子的溶液为凝固浴进行湿法纺丝，所述酸源植酸和气源蛋白质可与所述凝固浴中的金属离子发生配位作用，促使大量的金属离子负载到所述复合纤维中。所述生物质无卤膨胀型阻燃体系中的磷、氮阻燃成分之间能够发挥协同阻燃作用，赋予所述复合纤维良好的阻燃性能，同时金属离子发挥良好的催化成炭作用，进一步提高所述复合纤维的阻燃效率及阻燃性能，其极限氧指数值可达36％，且保留了聚丙烯腈原有的优良性能。