本发明关于质谱分析技术与中药分析技术领域，尤其涉及一种脱氢紫堇碱及其代谢产物的检测方法及其应用。本发明采用反相超高效液相色谱/质谱联用分析方法，通过采用三重四极杆‑线性离子阱质谱和离子淌度/四极杆‑飞行时间质谱两种质谱系统的靶向与非靶向数据采集策略，结合特定的质谱条件，可准确、快速地检测脱氢紫堇碱代谢物，并用于全面和精准的表征脱氢紫堇碱代谢物。