本发明公开了一种对重构基因组尺度代谢网络进行模块划分的方法。主要包括创建反应图、根据分类树初步解耦网络和网络解耦的优化内容。本发明所采用的方法结合了层次式聚类方法和非层次式聚类方法的优势，通过聚类树的生成得到代谢网络的层次结构，符合生物代谢网络的层次性，之后通过模块化指标的优化，得到最佳的解耦结果。从而兼顾了网络的层次性和模块性，即符合了生物网络本身的特点，又在结构上得到了最优的解耦结果。