本发明涉及生物信息学中生物网络子领域，一种代谢‑蛋白互作网络集成方法，该方法包括代谢网络转换，R‑P‑R网络构建，网络对接三个步骤；代谢网络是代谢物‑代谢物之间的关系联结而成，而蛋白互作网络是蛋白‑蛋白之间的关系联结而成，从节点信息上来看，利用蛋白作为桥梁，找到代谢网络和蛋白互作网络的共性，将其集成为一个网络。