本发明公开了一株德氏有孢圆酵母的植酸酶基因多位点突变株及其应用，涉及生物技术领域。本发明采用紫外线诱变酵母菌对植酸酶基因进行突变，得到有三个氨基酸位点发生了突变的高活性植酸酶基因突变株，在整个酸性环境中都具有极高的植酸水解活性，达到了在胃环境中pH条件下能较好水解植酸的要求。该菌株可用于生产饲用、食用植酸酶，还可以用于生产微生物磷肥和（或）生物有机磷肥，保藏号为：CGMCC No.8738。突变后的植酸酶基因序列可以被克隆到原核和（或）真核生物基因表达载体上，通过基因工程技术构建基因工程菌株和（或）转基因植物，以高效表达植酸酶基因生产植酸酶。