本发明公开了一种更新认证密钥的方法和系统，属于信息安全领域。为了解决以明文形式通过网络传输认证密钥的不安全性，以及以密文形式传输认证密钥带来的管理麻烦和成本高的问题，本发明提出了远程更新认证密钥的方法，方法包括：服务器端对随机种子和随机数进行运算，产生验证数据；服务器端对原始认证密钥和验证数据进行加密运算，并将随机种子和加密运算结果传送给客户端；信息安全设备验证随机种子的正确性；分别在信息安全设备内和服务器端对随机种子和原始认证密钥进行相同的加密运算，生成新认证密钥，更新信息安全设备内和服务器端数据库中的认证密钥。本发明还提供了更新认证密钥的系统。