本发明公开了一种智能密钥设备与应用软件的通讯方法和系统，属于数据通讯领域。所述方法包括：智能密钥设备与应用软件建立连接；智能密钥设备与应用软件建立单独会话并且约定过程密钥；应用软件使用所述过程密钥对通讯数据进行加密，并将单独会话的会话号和已加密的通讯数据发送给智能密钥设备；智能密钥设备根据所述单独会话的会话号，使用与所述会话号相对应的过程密钥对所述已加密的通讯数据进行解密，得到明文通讯数据。所述系统包括主机和智能密钥设备。通过在智能密钥设备和应用软件之间建立单独会话并使用双方共同约定的密钥对通讯数据进行加密后再进行传输，解决了目前软件和智能密钥设备之间明文传输或者使用静态密钥进行传输的问题。