本发明涉及一种医学文档专业词汇自动化标注方法，包括：对输入的医学文档进行数据预处理，得到预处理后的医学文档文本；获取词的字母级特征向量、单词级特征向量、语言特征向量并进行融合，作为词的编码向量；将分词后的医学文档文本的词标注分类得到标注数据集；对每一个词输出一个多维向量作为词的空间表示；获取增强后的标注数据集；进行训练建模，并最终输出标注结果。本发明设计合理，其采用半监督学习算法对大量未标注数据进行标注，成功地克服了现有医疗行业标注数据过少的缺陷，有效地提高了模型能够使用的数据量，并大幅提升算法对于关键词和专业词汇的标注准确率，可广泛用于医疗文献处理中。