本发明提供了一种空中交通相依网络脆弱性识别与控制方法及系统，所述方法及系统首先构建由机场网络、航路网络以及管制扇区网络相连接的空中交通相依网络模型，并以随机扰动和蓄意扰动的扰动策略对空中交通相依网络的节点进行扰动，然后计算所述相依网络的结构脆弱性的相关特性指标的变化率和功能脆弱性的相关指标的变化率，并识别所述相依网络的结构脆弱性和功能脆弱性的变化规律，最后根据识别结果，通过对相依网络进行流量协调控制来优化相依网络的脆弱性。本发明结合空中交通相依网络的脆弱性分析结果，对网络的交通流重新进行协调控制，使得空中交通相依网络的交通流趋于有序，以此降低网络的脆弱性。