本发明公开了一种超分子光活性金属纳米抗菌药物的制备方法。采用“巯基‑烯”点击化学方法，首先在唾液富组氨酸短肽(Hst‑5)末端引入可与细菌表面糖蛋白二醇结构形成动态硼酯键的苯并恶唑硼醇分子，在富组氨酸金属蛋白与卟啉衍生物的配位作用基础上，进一步通过富含组氨酸短肽(Hst‑5)、光敏剂(Ce6)和金属离子(Zn2+)在水相中进行超分子自组装，构筑了一种具有光活性的超分子金属纳米抗菌药物。该方法制备简便、易于控制、条件温和且无有机溶剂使用，获得的纳米抗菌剂尺寸均一、结构规整且光敏剂装载效率高，可有效诊断和清除体内耐药菌感染，为耐药菌感染疾病的治疗提供了借鉴。