本发明涉及一种冬枣优良突变体选种的鉴定方法，属于果树栽培育种技术领域。本发明鉴定方法包括以下步骤：1)试验地的选择；2)对优良单株进行初选、复选，标记变异株；3)变异株的冬枣植株与对照组的冬枣植株从生长发育、果实品质、结果特性、形态指标进行对比分析测定；4)进一步将变异株的冬枣植株与对照组的冬枣植株进行RAPD多态性分析，验证变异株的遗传物质是否发生变化；5)根据步骤3)和步骤4)的鉴定结果判断标记为变异株的冬枣植株是否为真正突变体；6)将步骤5)判断得到的正真突变体的冬枣植株进行基因转录组高通量测序，进行最终鉴定。本发明的鉴定方法简单，能够有效、快速的筛选出优良突变体。