本发明提供了一种滤食性养殖贝类饲料的制备方法及应用，包括如下步骤：将藻粉、粮食粉、益生菌粉与海藻胶混匀得到混合料A，然后将与混合料A等质量的氯化钙溶液缓缓喷洒于混合料A中，搅拌均匀后获得混合料B，然后将混合料B压实成团，切割块，即得所述的滤食性养殖贝类饲料。本发明所述的滤食性养殖贝类饲料的制备方法是依据海藻酸钠遇到钙离子可迅速发生离子交换而生成凝胶这一特性，将贝类生长所需各种营养物质包裹在韧性较强且可在水流作用下缓慢释放其中物质的海藻酸钠凝胶块中。本发明的滤食性养殖贝类饲料制备方法简单易行，不需要任何精密复杂的仪器设备，非常适宜于在养殖基地现场快速地规模化制备生产。