本发明公开了一种提取鱼类肠道微生物基因组DNA的高温复合法，首先，同时应用溶菌酶法与超声波法，使鱼类肠道各类群微生物适当破壁。超声波物理破壁的条件为150‑250w，超声2‑3s，间隔5s，循环50‑60次。其次，将超声波处理后的样品与溶菌酶在55‑65℃温度的水浴恒温振荡器中共同孵育30min，与RNase A共同孵育的温度为27‑32℃。此方法利用恰当的温和超声波条件使各种微生物适当破壁，避免基因组DNA断裂降解。通过设置溶菌酶、RNase A与样品孵育的特定温度范围，即可以提高溶菌酶的裂解效果，又可避免组织和细胞中DNA酶降解基因组DNA。操作简单、提取的基因组DNA完整、降解率低，根据提取的DNA所鉴定出的微生物种类能够真实反映鱼类肠道微生物组成结构。