本发明公开了一种垂直防渗帷幕缺陷位置的抽水实验确定系统及方法，所述抽水实验确定系统包括缺陷判断模块和缺陷确定模块，所述缺陷判断模块包括检测位置生成单元和数据处理单元，所述数据处理单元与缺陷确定模块连接，所述检测位置生成单元用于生成实验检测位置，所述数据处理单元用于对实验检测位置的信息进行数据采集、数据分析和数据判断，所述缺陷确定模块包括缺陷区域生成单元和缺陷位置探测单元，所述缺陷区域生成单元用于根据数据处理单元的结果生成缺陷区域，所述缺陷位置探测单元用于探测缺陷的具体位置，所述检测位置生成单元包括抽水井位置生成单元和定位观测井生成单元。