本发明公开了一种壳聚糖及壳聚糖季铵盐复合磁性微球及制备方法，方法步骤为：制备水相,按比例，取壳聚糖，壳聚糖季铵盐，致孔剂PEG或PVP，搅拌溶解于醋酸水溶液中，加入磁性颗粒，搅拌加超声；制备油相,取液体石蜡，Span80，搅拌得油相；在搅拌下，将水相逐滴加入到油相中，搅拌得到液态混合物；向液态混合物中逐滴加入多聚磷酸钠水溶液，搅拌,加入戊二醛水溶液，反应；离心，洗涤，得到壳聚糖及壳聚糖季铵盐复合磁性微球。本发明的复合磁性微球对水中腐殖酸、阴离子染料、砷酸根离子、磷酸根离子和硝酸根离子等负电性物质具有较高的吸附性，且有较强的pH适应性、磁分离性以及可再生性；交换容量大，吸附速度快，易分离。