本发明公开一种在移动操作系统中完成数字签名的方法和系统，该方法包括：应用程序对待签名数据进行编码得到第一数据包；以服务程序的地址字符串、应用程序的地址字符串和第一数据包为参数调用系统预设函数；当服务程序被系统预设函数调用时，解析函数参数，保存应用程序的地址字符串；对第一数据包进行解码，成功则将待签名数据和预设签名类型发送到智能密钥设备，否则将解码失败信息作为返回值，以应用程序的地址字符串和返回值为参数，调用系统预设函数；接收智能密钥设备返回的信息；以智能密钥设备返回的信息、应用程序的地址字符串和返回值为参数调用系统预设函数；应用程序解析系统预设函数参数，得到签名结果或返回值，结束。