本发明公开一种可处理多协议APDU命令的方法，属于信息安全领域，所述方法包括：智能密钥设备向上声明自身为SCSI设备和CCID设备，当检测到SCSI接收数据标识置位时，处理SCSI缓存区中的数据，复位SCSI接收数据标识，打开SCSI端点中断；当接收到CCID命令时，处理CCID缓存区中的数据；所述方法还包括：当检测到发生SCSI设备标准命令中断时，执行相应操作并返回相应数据；当检测到发生APDU命令中断时，接收APDU命令数据并保存至SCSI缓存区中，置位SCSI接收数据标识，关闭SCSI端点中断。采用本发明的技术方法，能够实现单设备处理多协议命令，使用范围更广，产品的兼容性更好。