本发明公开了一种以生物质糖为原料快速制备寡聚糖的方法。该方法将生物质糖置于石英管管式反应器内，在氮气保护下，将石英管管式反应器置于热转化反应器的控温区，控制热转化时间，当热转化结束后迅速将物料冷却得到寡聚糖前驱体，然后加入纯水溶解并经无机超滤膜纯化，最后经干燥制得寡聚糖。本发明提出并完善了一种以生物质糖为原料快速制备寡聚糖的新方法，该方法能有效地提高寡聚糖的生产效率，为功能性寡聚糖的规模化制备及利用提供了新的途径。