本发明涉及一种从金花葵中分离纯化金丝桃苷和异槲皮苷的方法，属于天然化合物提取和分离领域。方法如下：加热回流提取金花葵中黄酮；碱性条件下，锌盐与金花葵中除金丝桃苷和异槲皮苷外的黄酮类物质形成稳定络合物沉淀；离心去除络合物沉淀；浓缩上清液，获得高纯度的金丝桃苷和异槲皮苷。该方法可快速、高效、安全从金花葵中分离纯化金丝桃苷和异槲皮苷，有助于实现金丝桃苷和异槲皮苷的工业生产。