本发明提供一种以一类功能微生物对高氯酸盐进行生物转化、原位制氧的系统与方法，可以用于地球与火星表面高氯酸盐的生物转化与原位制氧。本专利包括1‑高氯酸盐预处理单元、2‑生物反应与制氧单元、3‑氧气检测与收集单元、4‑氧气压缩与纯化单元、5‑氧气储存单元、6‑副产物资源化单元、7‑外壳设施装置单元；本发明利用功能微生物在常温下反应转化高氯酸盐，在消除高氯酸盐危害的同时，实现原位制氧，其转化的高氯酸盐种类多，比高温热解化学制氧方法能耗低。