本发明属于基因工程领域，提供了一种源于黑曲霉菌M00988的高产特异性功能低聚肽的酶及其工程菌。本发明通过基因改造获得能够高产低F值寡肽的羧肽酶及生产该酶的工程菌。通过对特殊位点的改造，提高了羧肽酶切除芳香族氨基酸的效率，能够有利于提高产品F值，降低酶法生产成本，减少后期纯化过程中的能耗，降低环境污染，实现高效制备高F值低聚肽的工业化生产应用。