本发明提供一种流式细胞仪层流控制方法，所述控制方法包括：a)在第一控制输入端输入设定参数，由所述设定参数控制第一气压比例阀对样品池加压；b)第一压力传感器采集样品液压力，由第一信号处理器转换为第一反馈参数；c)第一反馈参数分为调节参数和控制参数两路，所述调节参数与设定参数通过第一模糊PID控制器调整为第一精确控制量；d)控制参数输入由计算比例模块输入到第二控制输入端，由控制参数控制第二气压比例阀对鞘液池加压；e)第二压力传感器采集鞘液压力，由第二信号处理器转换为第二反馈参数；f)第二反馈参数与控制参数通过第二模糊PID控制器调整为第二精确控制量，本发明能够实现调节和压力稳定输出。