本发明公布了一种基于流动注射分析的大气中铁浓度的在线测量装置及方法，基于菲洛嗪溶液染色检测可溶性二价铁离子，使用气溶胶粒子捕集器连续收集大气中的可溶性铁离子，通过长光程液芯光纤对所捕集的可溶性铁离子进行比色分析，动态扣除可溶性铁离子测量中的干扰信号，实现了大气中可溶性铁离子的高精度高时间分辨率高准确度的在线测量。本发明可适应大气中不同铁离子浓度的测量，可同时在线连续测定大气中可溶性二价铁离子和三价铁离子，彻底避免因离线采样造成的二价铁离子氧化问题。本发明装置启动和维护简便，实现了全自动分析，检测数据质量高，空间分辨率、时间分辨率高及灵敏度高，系统稳定性好。