本发明公布了一种基于子空间聚类的农药残留高维数据可视分析方法与系统，通过预处理农药残留数据、构建农药残留检出矩阵、子空间聚类算法自动寻找候选子空间、通过双层过滤删除无效子空间和双欧式距离合并相似子空间、子空间重排等过程，对农药残留检出数据进行子空间聚类处理，获得农药残留检出高维数据全空间中相关性较强的子空间。另外，本发明对每个子空间数据进行可视化展示，并提供交互式手段进一步探索每个子空间的分布情况，同时通过多视图协同方法探索各个子空间之间的农药残留检出分布情况，从而帮助分析人员更好地分析高维数据中潜在的相关关系，提高分析效率，为决策提供技术手段。