本发明公布了一种基于图嵌入的高风险食品和危害物可视分析方法与系统，以食品为节点，以食品中是否检测出共同的危害物为条件建立边，构造食品关联网络；对食品关联网络的节点进行向量化；对向量化后的节点进行聚类，从而将结构特征相似的节点划分到同一个子图中。可视化设计Force‑Radar为显示子图的特征指标的雷达图为节点，以子图之间关联为边，采用力导向布局形成整个网络的概览图，有效地显示整个食品关联网络概览、子图结构特征和子图之间的关系。采用本发明，能够实现交互式地分析和探索食品关联网络，发现高风险食品和危害物，为食品安全监管提供支持。