本发明公布了一种同构层次数据对比可视分析方法和应用，用节点‑链接法中的同构树表达层次结构，结合平行坐标进行布局，使得在展现数据的层次化关系的同时还可进行数据的对比分析；包括：对数据进行预处理，得到多个异构层次数据集；基于多个异构层次数据集，通过结构整合和减枝，抽取同构信息建立同构树；通过布局算法对同构树进行布局；结合同构树布局与平行坐标系，在展现数据的层次化关系的同时还可进行数据的对比分析。本发明支持对各节点属性值的对比分析，包括最大和最小值、属性值高低的分布模式和变化趋势、属性之间的关联等，可应用于对食品安全领域中多国MRL数据进行可视化。