本发明公开了一种基于混合协同过滤算法的作物育种品种推荐方法，包括如下步骤：步骤1，将对照品种数据和待审核品种数据进行数据预处理，以得到品种-性状数据表；步骤2，对品种-性状数据表进行聚类，从而得到多个聚类簇；步骤3，查找包含对照品种-性状数据表的第一聚类簇；步骤4，计算第一聚类簇中待审核品种与对照品种的相似度，筛选出相似度高的待审核品种；步骤5，将筛选出的待审核品种作为作物育种的推荐品种。本发明能够有效降低计算损耗，特别是在商业化育种时，本发明可提高工作人员的工作效率，大大降低人工成本，能够完成多位育种专家需要进行的工作，从而满足大规模育种数据分析的需求。