本发明提供了一种城市轨道交通网络客流在线控制系统。该系统包括操作终端、数据管理服务器、路网状态评估服务器、路网客流状态计算服务器、客流控制方案生成服务器。操作终端选择客流调控的外部环境，调取数据管理服务器中的路网、列车、客流数据，路网客流状态计算服务器计算路网时空上的客流状态，并调用客流控制方案生成服务器，通过路网客流评估与路网客流状态计算的交互生成控制方案。本发明为用户制定大客流调控方案提供的智能辅助决策的平台，满足大客流条件下，网络客流控制方案制定的全局性、合理性与及时性，提高城市轨道交通客运服务的智能化水平，提高路网的全局安全与效率，提高乘客出行质量。