本发明提供了一种通过石墨烯反射镜切换波长的锁模光纤激光器系统，所述系统包括依次连接的泵浦源、波分复用光纤耦合器、掺铒增益光纤、隔离器、第一光纤准直器、透射窗口、石墨烯可饱和吸收体、第二光纤准直器、输出耦合器和旋转架，其中所述石墨烯可饱和吸收体贴附于透射窗口表面，固定有第二光纤准直器的旋转架沿垂直于激光入射的方向旋转一定角度。