本发明涉及吡咯伯克霍尔德氏菌的应用及其降解萘的方法，属于环境微生物应用领域。本发明的咯伯克霍尔德氏菌B1213的用途为降解NAP；对NAP的降解率可高达92.45%-96.89%；所述咯伯克霍尔德氏菌B1213保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心；保藏编号为CGMCCNo.12806；保藏时间为2016年7月21日。本发明采用咯伯克霍尔德氏菌B1213降解NAP的方法，是在酵母提取物存在的条件下，吡咯伯克霍尔德氏菌B1213与NAP接触。与本发明之前细菌、真菌降解萘的方法相比，本发明降解萘的方法，在菌种来源上具有新意，其对萘的降解率较高，降解周期短，操作简单。