本公开涉及一种从感染病原菌的植物组织中分离质外体汁液的方法，所述质外体汁液中含有所述病原菌分泌的效应蛋白，该方法包括：a、将感染病原菌的植物组织置于缓冲液中进行真空下浸润处理，得到浸润处理后的植物组织；b、将所述浸润处理后的植物组织进行第一次离心，得第一离心液；取所述第一离心液进行第二次离心，收集第二离心液；其中，所述感染病原菌的植物组织中，病原菌为禾谷镰孢菌、轮枝镰孢菌、尖孢镰孢菌、大丽轮枝菌、禾谷炭疽菌、稻瘟菌、灰葡萄孢菌中的至少一种。该方法可以最大程度地分离出病原菌分泌并进入质外体汁液中的效应蛋白，便于更好地分析感病植物组织中病原菌分泌的质外体效应蛋白的组分和特性。