本发明涉及一种以蜂蜜为碳源的碳量子点荧光标记材料及其制备方法和应用，本发明的制备方法包括以下步骤：将蜂蜜、去离子水和无水乙醇混合均匀；将所得混合液密封，进行蒸汽热合成；然后调节所得溶液的pH，离心；取上清液，加入二氯甲烷，离心；然后分别取离心后的上层水相清液和下层有机相，分别过滤，获得水溶性碳量子点和脂溶性碳量子点。本发明的方法以蜂蜜作为碳源，反应条件温和，操作简便，成本低，毒性小，仅需常规仪器设备，一般实验室即可进行操作，可推广性好；此外，能一次性获得水溶性量子点和脂溶性量子点，产物单分散性好，荧光性质好，可作为荧光标记物用于生物标记等多个领域。