本发明涉及酶工程领域，具体公开了一种耐酸性玉米赤霉烯酮解毒酶及其编码基因与应用。本发明通过对玉米赤霉烯酮解毒酶的氨基酸序列进行优化，改变了解毒酶的8个氨基酸残基(与zlhy‑6解毒酶有8个氨基酸差异)，使重组表达玉米赤霉烯酮解毒酶最适反应pH由8.5降低到6.5，与猪、鸡肠道pH非常吻合，当pH低至5.0时，解毒酶酶活仍保留40％以上，大大提高该玉米赤霉烯酮解毒酶作为饲料添加剂在实际应用中的解毒效率。本发明还通过对玉米赤霉烯酮解毒酶基因进行密码子优化，并将该基因在重组酵母基因组中的拷贝数增加到4，大大提高了玉米赤霉烯酮解毒酶的表达量。