本发明涉及一种应用于容错飞行控制系统的鲁棒控制分配方法，属于航天航空容错飞行控制技术领域，包括将飞行器模型进行线性化，生成控制效率矩阵，确定每个舵面对飞行器三轴姿态控制影响的效率系数；建立故障模型，将故障参数估计问题转化为线性回归问题，从而使用最小二乘线性回归方法估计故障参数；使用故障投影的方法计算每个舵面对应的故障参数估计结果的不确定性，并进行加权平滑；考虑舵面对应的故障参数的不确定性的差别，求解使最差条件下的控制分配误差最小的优化问题，进行鲁棒控制分配，将该优化问题等价转化为一个凸优化问题，并使用原始对偶内点法进行求解得到鲁棒控制分配结果。本发明提高了控制分配结果的鲁棒性。