本发明公开了一种生物阴极型微生物燃料电池。所述微生物燃料电池包括阳极室和阴极室；所述阴极室包括好氧阴极室和缺氧阴极室；所述阳极室、好氧阴极室和缺氧阴极室内均设有填料，所述填料上均负载产电微生物膜；所述阳极室与所述好氧阴极室之间设有阳离子交换膜；所述阳极室与所述缺氧阴极室之间设有阴离子交换膜；所述阳离子交换膜与所述阴离子交换膜的两侧均设有集电金属网；所述集电金属网的两端通过导线相连通，所述导线上设有负载；所述好氧阴极室的底部设有曝气装置。利用本发明提供的微生物燃料电池在去除有机物和产电的同时进行脱氮，实现三效合一。