一种自动基质清洗的绿色屋顶及其使用方法。一种自动基质清洗的绿色屋顶，包括植被层，基质层，穿孔板与土工布层，排水层，防水层，蓄水装置Ⅰ和蓄水装置Ⅱ，植被层位于最上方，植被层的两侧分别设置有溢流蓄水口阀门和清洗排水口阀门；基质层位于植被层下方并为植被层提供养分；穿孔板与土工布层位于基质层的下方；排水层位于所述穿孔板与土工布层之下，排水层的两侧分设有双向阀门Ⅰ和排水口阀门；防水层设于所述排水层下方；蓄水装置Ⅰ与所述蓄水装置Ⅱ设在绿色屋顶同侧，蓄水装置Ⅱ中设有增压水泵，蓄水装置Ⅰ中设有水位计,蓄水装置Ⅰ下方设置有双向阀门Ⅱ以连通蓄水装置Ⅰ与蓄水装置Ⅱ，且蓄水装置Ⅰ的上方设置有进水口阀门以调用其他水源。