本发明提出了一种高端磁盘阵列后端磁盘柜链路失效保护系统和方法，所述系统和方法包括：两个高端磁盘阵列控制器、分成两组分别形成品字型的六个JBOD、两个SAS HBA卡；每个JBOD采用2个SAS控制器冗余设计；两个高端磁盘阵列控制器通过高速互联网络通信，都可控制其内磁盘，并且实时监控后端磁盘，通过所述高端磁盘阵列控制器之间的通信，判断另一高端磁盘阵列控制器是否与所述后端磁盘断开；根据另一高端磁盘阵列控制器与所述后端磁盘的断开与连接情况在所述两个高端磁盘阵列控制器之间进行存储资源的接管与切换操作。通过本发明的设计，解决了磁盘阵列后端磁盘柜链路失效问题，达到链路的高可用性。