本发明公开了一种爱格氏菌AUH-JLD49s及其在3′-去甲基-牛蒡苷元转化中的应用，属于细菌技术领域。爱格氏菌（Eggerthella sp.）AUH-JLD49s，保藏号为CGMCC No.13124。其应用包括下述步骤：（1）菌株AUH-JLD49s的培养；（2）底物3′-去甲基-牛蒡苷元粗品与菌株AUH-JLD49s共培养及转化产物的分离纯化。本发明菌株能将中药牛蒡子中牛蒡苷元的一种微生物转化产物3′-去甲基-牛蒡苷元转化为3′-去甲基-4′-去羟基-牛蒡苷元，解决了3′-去甲基-4′-去羟基-牛蒡苷元资源缺乏的问题，对3′-DM-4′-DH-AG药理活性及新药研发具有极大的推动作用。