本发明公开了一种多功能营养生态防御剂及其制备应用方法，其配方中包括A液即EM复合有益菌发酵液，以及由有机营养吸附络合螯合载体和组合诱导剂组成的B液；所述EM复合有益菌发酵液利用EM固体菌剂经发酵活化扩繁制备；所述有机营养吸附络合螯合载体为浓缩糖蜜发酵液；所述组合诱导剂的活性组份选自光合诱导素、四甲基戊二酸、农用可溶性硝酸稀土、激活蛋白、壳寡糖、水杨酸、S-诱抗素、海藻糖、生根剂、烯效唑、氯吡脲；上述A液和B液分装，使用前进行复混配制。本发明适用于温室大棚、大田园艺作物与生态栽培土壤配套应用进行高质生态栽培，通过浸种、滴施、喷施等多种方式应用，达到提供有机营养、调节、诱导抗病虫、逆境保护等多重目标。