本发明涉及新能源汽车技术领域，公开了一种车用燃料电池尾气制氮系统及其吹扫方法，包括通过管线顺序连接的空滤机、空压机、中冷器、加湿器和燃料电池，燃料电池阴极的入口端和加湿器管线连接、阳极入口端和氢气瓶连接、阴极出口端和氮气瓶管线连接；在燃料电池阴极出口端至氮气瓶的管线中顺序设有第一气水分离器、氮氧分离器和加压器，还包括多个电磁阀，本发明中不仅制取和储备了燃料电池吹扫使用的氮气，同时将分离的氧气再次加入到燃料电池阴极入口空气的回路中，对燃料电池的阴极进气起到了富氧的作用，提高了燃料电池的工作性能；吹扫过程中确保了阴极和阳极都不会存有液态水，进一步降低了燃料电池内部由于液态水存在而结冰的风险。