本实用新型涉及燃料电池技术领域，具体涉及一种自净化散热器、燃料电池散热系统以及车辆，所述散热器包括散热管、去离子通路和两个水室；两个所述水室通过散热管连通，其中一所述水室开设有散热器入口，另一所述水室与去离子通路连通；所述去离子通路上开设有散热器出口；所述去离子通路内具有去离子材料；本实用新型通过在散热器内结合去离子通路，散热器工作时，冷却液所携带的离子被去离子材料吸收，从而在散热器内即达到去离子的目的，使冷却液在流出散热器时即处于低电导率的状态；避免长时间静止冷却液离子浓度过高产生的高电导率问题；能够实现冷却液离子电导率的实时保持，同时由于取消了单独设置的去离子器，降低冷却回路阻力。(ESM)同样的发明创造已同日申请发明专利