本实用新型涉及自动排水装置,公开了一种自动排水装置及燃料电池系统，包括：尾排硬管与尾排软管，所述尾排软管设置在所述尾排硬管下端并与连接，所述尾排软管内设置有至少两组排水半叶片、弹簧装置及转轴，所述转轴两端垂直穿过所述尾排软管中心轴与尾排软管内壁连接，所述排水半叶片的一端设置在转轴上，所述弹簧装置一端与所述尾排软管内壁垂直设置，所述弹簧装置的另一端与一组所述排水半叶片连接。本实用新型通过在尾排装置的最低点上设置自动排水装置，使得尾排装置中的冷凝水及时顺利排出，同时达到阻止外部污染物进入到尾排装置内。