本发明提出了一种设备运行时木马电路检测和出错恢复方法，其包括如下步骤：建立用于木马电路检测的原计算和重计算，以及用于木马电路被触发而出错时的恢复计算；将任务节点绑定到IP核；计算IP核所需要的IP核厂商的个数；匹配最优IP核厂商组合；确定任务的调度时间和IP核用的个数；为每个IP核构建定位和替换结构；实时检测原计算和重计算结果是否相同，如果不同则定位被激活的木马电路所在的IP核；替换被激活木马电路所在的IP核。该方法能够保证在木马电路被触发后检测到输出错误并提供恢复计算，以使得系统的正常运行，同时还可以迅速定位被感染的IP核并在系统下次运行前对其进行替换。