本发明涉及一种自适应多路复用编码系统，包括：数据接收机构，用于接收待执行多路复用的各路数据；误码分析机构，用于采用误码分析模型分析待执行多路复用的各路数据中不同路数的数据经过信号复用机构多路复用处理后的平均误码率，将平均误码率最低的路数作为参考数量；信号复用机构，用于每隔设定时长从各路数据中选择参考数量的两路以上数据执行下一设定时长内的多路复用处理。本发明还涉及一种自适应多路复用编码方法。本发明的自适应多路复用编码系统及方法逻辑可靠、应用广泛。由于通过对当前要复用的多路数据进行不同路数的复用误码率的测试，以获得针对不同复用内容的不同最佳优化路数，从而改善了信源数据的多路复用性能。